孙悟空是花果山上的一块仙石所孕育，这块仙石不平凡，自天地孕育以来就一直存在。玉帝经历一千七百五十劫，每劫十二万九千六百年，这对许多人来说是无比漫长的岁月，但是还是比不过仙石久远，但是这存在的时间都让玉帝心存顾虑，不敢轻易将他毁掉。也有传说猜测这块仙石是当年女娲补天所用的五彩石。

其次，孙悟空的师父十分神秘。

众所周知，孙悟空的第一个师父是菩提祖师，菩提祖师是三界之中强大而神秘的人物，几乎没有人知道他的来历，当然可能玉帝和佛祖知道，不过可以肯定，从菩提祖师的渊博所学来看，菩提祖师应属和他们同一个档次，甚至在某方面比他们厉害。

拿收徒这事来说，孙悟空一出世就彰显不凡，惊动天下，可算是一块璞玉，按照众神仙在封神时期的习惯来看，如此资质不凡的徒弟应该很多人都抢着要吧。但是最后却没人出手，可能是菩提祖师提前就放出风声，众神仙不好跟他争，并且菩提祖师也提前算到了孙悟空出海拜师一事，早在那里等着。玉帝对于这样一个人物的徒弟，自然不敢轻言打杀，所谓的惩治也不过走个过场而已。

再次，孙悟空是注定的取经之人，受佛教庇护。

孙悟空是有大气运之人，既然被菩提祖师抢先收了做徒弟，但是如来佛祖也不甘落后，于是制定取经计划，一方面为传扬佛法，一方面把了把孙悟空收归佛教。其实，无论是玉帝、菩提祖师还是如来佛祖，都早已算到孙悟空会大闹天宫，菩提祖师曾经还告诫过他，可惜孙悟空没怎么放在心上。

而玉帝早已了然，从仙官慌张禀告他孙悟空快要打进来的时候，玉帝不慌不忙，十分淡定地让人去通知如来佛祖，相当于说时机已成熟，如来佛祖可以按照计划行事了。于是，佛祖为了磨砺孙悟空的性子，将他封印在五行山下足足五百年，之后才提出取经之事，让一度失去自由的孙悟空心存感激，并且顺利加入佛门。

孙悟空是块顽石，需要打磨，但不能被打碎，而且玉帝也知道他各种来历和往事，所以不敢杀他，也不会杀他。