不单单是三好长房、三好胜时等诸多身在山城境内的三好家同族重臣们对三好长逸、三好政康、岩成友通三人代替病重的三好长庆把持家中大权感到非常不满，就连远在河内、大和两国的三好康长、松永久秀等人也派遣使者前来京都责问，并对三好三人众施加压力，让他们尽快劝说三好长庆放弃京都。
可三好三人众依旧选择秘不发丧，并拒绝三好家同族、谱代家臣们前去觐见三好长庆。同时，他们还以三好长庆、三好熊王丸的名义下令三好康长、松永久秀等人将河内、大和之兵输送至山城境内，协助三好军本队抵御上杉军的侵攻。
原本，三好长庆为了抗击上杉军的侵攻，不惜从阿波、讃岐、淡路、东伊予、丹波、摄津、河内、和泉、大和等治下领国之中调集大部分的兵力，并亲自坐镇京都。
三好长庆一开始的判断是，上杉清定率东国之兵倾巢而出，有备而来，作为进攻方，连获大捷，士气正盛，又在近畿诸国作战，因此他们与曾经的大内家类似，最希望速战速决。若与其硬碰硬正面交锋，一旦失利，上杉军就将兵临京都之外，如此一来，朝廷、足利将军家、京兆细川家、三好家皆危矣。而他自己所率三好军以及旗下大名、国人领主们乃是本土作战，虽是守方，但只要守住比叡山、宇治川两道防线，上杉军就不敢轻易越过比叡山、宇治川两道防线而去攻打京都或是其他地区。而己方只要固守不出，以上杉军为主的近三十万大军孤军深入，人吃马喂每日消耗巨大，粮草补给都得从东国远道运来，用不了多久，上杉军的后勤补给就会跟不上。届时，上杉军既不能速进，又不得不消耗大量有生力量来攻坚拔点。待到军卒疲惫，供输不济，其士气必将低迷，自然就会退兵。若其退兵，三好军只需尾随追迫，相机反击，上杉军逃归心切，破之必也。如此一来，不仅近畿诸国保全无虞，三好军还能趁机一鼓作气攻入北陆道、中山道、东海道诸国，亦未尝不可。
所以，三好长庆才会选择将东拼西凑而来的九万余军势全部压在京都周边，深挖濠、筑城池、广积粮，准备与上杉军进行长期对峙。
只不过，三好长庆突染恶疾，三好军溃败之速，上杉军攻势之猛等诸多不利消息，完全大出伪朝一方所料。
不仅比叡山、宇治川两道防线在上杉军的猛攻之下，皆没能支撑一天的时间陷落，甚至连三好家视为山城北部重要屏障的丹波一国都被上杉军的一路偏师迅速压制，进而威胁到了播磨、摄津、山城三国北面的境目地带。
而且，自从丹波一国被上杉军压制后，作为上杉家旗下大名的山名家、丹后一色家也因此消除了自身的肘腋之患，随后就将粮草辎重、兵员大肆输送至丹波境内，策应上杉军本队的行动，并进一步对支持伪朝的赤松家、播磨一向一揆众施加压力，以及牵制其兵力。
眼见形势对伪朝一方是愈发不利，竹中重治再也坐不住了，他深知上杉家既然已经压制丹波一国以及攻破比叡山、宇治川两道防线后，下一步必将倾全力攻打京都。
在无法面见三好长庆的情况下，竹中重治就只能退而求其次，选择劝说三好三人众，放弃京都，退守桂川（葛野川）以西的胜龙寺城、淀城、革岛城、岚山城、峰之堂城、筑山城、山崎城等易守难攻、地势险要之地，并伺机对进入京都的上杉军进行火攻，以此来达到大量杀伤上杉军，并阻遏其进军势头。
对于竹中重治的提议，已经无计可施的三好三人众在经过一番权衡后还是采纳了。
之所以三好三人众会在此时采纳竹中重治的提议，是因为三好军屡战屡败，在失去了石山本愿寺支持的情况下粮草即将告罄，人心更是产生了浮动，很难再继续坚守在京都一带。
再加上，京都周边早就被三好军滥妨狼藉多次，已经没有油水可榨。三好三人众认为还不如退守山城、摄津两国境目地带的胜龙寺城、淀城一带，三好军还能借助水军优势，从淀川获得粮草辎重的补给，以缓解后勤压力。
人性如此，他不能承认你好，因为那样就说明他前面的选择就做错了。让人承认自己错了这事对人性属实是超纲了。这东西就得不断的拿利益威慑和战力威慑去打打屁股，一顿大嘴巴子呼脸上比啥注重方式方法都治病。
但是，还没等三好三人众做好撤出京都的准备，上杉军方面的攻势并没有停下。
上杉清定在将本阵移至膳所城后，就开始实施破袭骚扰战术。令宇佐美定胜、甘糟景持、金津义旧三人率本部骑马武士，在多罗尾光俊、藤林正保所率的御庭番众引导下，每天晚上都趁夜色从小道绕过三好军的防守阵地，深入京都之中，大肆袭扰破坏纵火烧毁三好军粮藏，又杀伤一部分三好军，甚至是烧毁伪朝高位公卿的宅邸，使得三好军各部受其袭扰，非常慌张。
由于京都各地燃起的熊熊烈焰，把夜色里的京都照得有如白昼一般。在上杉军的大肆袭扰下，京都之中流言四起，人心惶惶，周边地区更是盗匪横行，到处在趁火打劫。
京都周边顿时动荡不安和紧张慌乱起来，莫名的恐慌恶疾一般，迅疾传入朝堂和深深禁里御所之中，每个人都惶惑不安，不知所措。伪上皇伏见宫邦辅带着二条晴良、九条稙通、今出川公彦、花山院家辅、高仓永相、广桥国光、薄以绪、庭田重保等伪朝高位公卿，看着禁里御所周边升起的滚滚浓烟与滔天烈焰，不禁面面相觑，难掩惧色。
见局势动荡，人心不安，伪朝之中的大部分人都开始质疑三好家的应对之策。大家都纷纷上奏伏见宫贞敦、伏见宫邦辅父子，认为上杉军人多势众，三倍于三好军，又有山名家、丹后一色家等邻近近畿的大名支持，三好军却龟缩在京都周边的城池兵砦之中，任由上杉军挑衅袭扰却无所作为，这要不就是胆怯无能，要不就是有放弃京都的意图，应尽快西狩阿波，以此来躲避上杉军的兵锋。
不久后，上杉军本队先阵八条房繁趁着三好军本队被宇佐美定胜、甘糟景持、金津义旧三部，以及北陆道上杉军主力所牵制之际，以五千余军势突入位于京都东南方的宇治郡山科一带，仅仅用了一天的时间就将京都外围重要支城之一的山科音羽山城攻落。自守将四手井家保、四手井家武、巨势兵库助等人以下六百余人被讨取。
而后，八条房繁更是马不停蹄地，向宇治郡腹地进发，又接连攻落了逢坂山城、大塚城、小山城等城池兵砦，讨取了安威兵部少辅、赤塚家清、朝日新三郎、栗津甚三郎、有马源次郎、饭尾为忠、饭田左吉、木村小四郎诸多等足利将军家奉公众、奉行众，还将大谷口、小关越这两个进出山科的必经之地压制。
如此一来，上杉军的兵锋距离禁里御所仅剩下不足八里之地。
上杉军亮出的太刀已经离伪朝高层的脑袋不远了。
获知上杉军本队已经由大谷口、小关越两路大举攻入宇治郡境内，三好三人众只得痛骂足利将军家的奉公众、奉行众无能，并令三好长房、三好胜时等将坚守八濑城、松之崎城、北白川城、岩仓上藏城等地，想方设法牵制北陆道上杉军，使其无法与上杉军本队进行合流。
同时，三好三人众只得改变计划，集中现有的三好军本队、足利将军家奉公众、京兆细川家被官众，以及前来勤王的一万一千余河野军，打算以这八万余军势在山科盆地击退上杉军本队。