既然京都已在手中，那么清定自然是要以京都之主的身份来考虑问题。

虽说京都自从镰仓时代就不再是扶桑的政治、行政中心，但名义上仍然的扶桑的都城，若是放任麾下各部军势对京都滥妨狼藉、擅意妄为，损失的无疑是上杉家的利益。

因此，清定对宇佐美定满、高梨政赖、新发田长敦、白井胤治等家臣的进言是深以为然，约束麾下各部军势就成为眼下的当务之急。

毕竟，三好家的势力尚未彻底从近畿诸国驱逐，三好家仍占据着摄津、河内、和泉三国，以及伪朝方有力武家的赤松家、仁木家、六角家等也没有降服，形势依旧严峻。

经过反复考虑后，清定就决定将这一任务交由一门重臣的宇佐美定胜，便任命他为京都所司代兼爱宕郡、葛野郡郡司，负责维持京都的治安。

而后，清定就对参阵诸将说道：“余与尔累年战斗，忠于王事，出生入死。可左京洛阳、右京长安陷于伪朝贼军之手已长达两年，期间遭到伪朝贼军多轮抢掠，可谓是人人遭遇苦难，皆在惊恐之中度日如年。各部入城之后但管富贵，即不得恣横。余已经令宇佐美户部侍郎责办于渠。若有在左京洛阳、右京长安之中滥妨狼藉、擅意妄为之人，即可斩首示众，本家家中之人亦是如此，余定然不会轻饶！”

“左京洛阳右京长安”的出处在于《拾芥抄》中的“东京号洛阳城西京号长安城”（京程部京都坊名）和《帝王编年记》中的“始造平安城，东京（爱宕郡）又谓左京，唐名洛阳，西京（葛野郡）又谓右京，唐名长安”。

不过，清定虽然立下达禁制以及严令，但还是有不少人犯禁劫掠。

宇佐美定胜更是率左虎捷备先后抓获三百余人，他直接痛下杀手，不论是犯禁的武士、足轻、阵夫，还是町民、浪人、山伏、商人等皆被斩首示众，并不能享有切腹自尽的体面，尸体则是被丢弃在朱雀大道上，被处死的犯禁劫掠之人的尸体一个挨一个堆在一起，京都内外的秩序在短时间内便恢复了。

平安京的中轴线是朱雀大路。根据《延喜式》左右京式京程条的记载，平安京东西宽1508丈，南北长1751丈，其中朱雀大路宽28丈。当时所用的尺约为29.8厘米，一丈是十尺，约为3米。故而平安京东西约4.5千米，南北约5.2千米，其中朱雀大路的宽度达到了惊人的84米，虽然比同期超过百米的唐长安城朱雀大街要窄不少，但换算到今日也可以布置24条3.5米的机动车道。相比于只有6米左右的扶桑同期的后期驿路而言，如此巨大的道路显然不全是为了市民通行而设，而是包含着仪式上的用途。

至于一色藤长（足利将军家御供众，足利义晴大舅子）、三渊晴员（足利义晴乳母清光院之弟）、三渊藤英（三渊晴员长男）、米田求政（米田宗坚）、柳泽元政、楠正虎（楠木正虎）等被俘的原足利将军家奉公众、奉行众之中有才干者，清定全都以礼相待，人尽其用。

作为亲三好家的摄津晴门、细川晴经、细川辉经（细川晴经之子）、真继久直、梅仙轩灵超、策彦周良、惟高妙安等足利将军家奉公众、使僧，清定并不打算网开一面，反而是下令将他们斩首示众，其家眷则是分别流放至陆奥、津轻、虾夷地。