八万四千相好，秋月早掩五重之云；四十一地璎珞，夜星徒荡十恶之风。
烟满中天，焰冲虚空。亲见者不敢直视，远闻者为之丧胆。
可以说，比叡山延历寺寺领之中，不论是供养的药师如来（东方净琉璃世界的教主）、大日如来、释迦牟尼、阿弥陀如来、普贤菩萨、圣观音菩萨等在内的诸多大佛，还是琉璃环镶的四面回廊、涂以丹朱的二层楼房、数座九轮耀天的佛塔、本尊药师如来佛像（由最澄上人亲手雕刻）前的“不灭法灯”、大讲堂中在比叡山修行的各宗派开山祖师之木像、供奉最澄上人的御庙净土院等，瞬间化为灰烬，诚可悲叹。
法相、三论等法门圣典，是一卷不存。不提扶桑，即天竺、震旦，亦未有类此法灭尽也。与尘同污，良可长悲浩叹。
梵天、帝释天、四天王、龙神八部、冥官冥众，定然也大感惊慌。据云春日野之露顿变其色，而比叡山之风习习吹来，如泣如诉。
比叡山延历寺以根本中堂（前身为最澄上人所建一乘止观院）、三王廿一社为首，各种贡品、佛寺、灵社、僧房、经卷全被烧毁，如云霞飘散，灰烬遍地，甚为可悲。僧俗、儿童、智者、上人等被一一斩首，之后上呈至三好长庆的面前。
无论是延历寺内的高僧、贵僧、有智之僧，还是女子、儿童，幸存之人皆被抓捕，列于禁里御所之前示众。僧兵之辈不在话下，即便他们哀求饶命，也终不得饶恕，而后就被一一押至鸭川（贺茂川）岸边斩首示众，其景惨不忍睹。上千具尸体遍布其地，实为悲哀之结局。
三好军在攻入比叡山延历寺寺领之后是直接开始了零元购，烧杀抢掠，无恶不作，从比叡山至坂本町，大火十天不灭。
还有不少三好军以搜捕觉恕法亲王为由，所过虏掠，半月乃已。此屋荡尽，士民皆衣纸。
若不是北陆道上杉军提前做好了充足的战备工作，以及严阵以待，否则三好军还盘算着趁机攻入高岛郡境内进行乱取、滥妨狼藉。
比叡山延历寺乃是扶桑天台宗的总本山，开山祖师是平安时期传教大师最澄上人。
天台宗的比叡山与真言宗的高野山号称平安二宗两大圣山，在扶桑佛教社会中有着极为崇高的地位。
净土宗、净土真宗、日莲宗、临济宗、曹洞宗各宗被称为镰仓佛教，是有许多信徒的大宗派——不过，有趣的是，这些宗派的开山之祖在年轻时都曾在延历寺学佛。延历寺的地位相当于扶桑的佛教综合大学，后世更是将其称为“佛教孵化器”、“佛教之母山”等。
当时满山僧俗与避难的百姓不下于五千之众，不分良莠，无分男女，绝大部分遭到三好军的烧杀，死于非命，惨不忍睹。
此番死于火灾之人数达一千七百余人，又在战场上牺牲之僧众达两千三百余人。只有少数枭首于坂本町之中，其余大部分首级则被携回京城，用于首实检，查验觉恕法亲王的首级是否在被讨取的行列之中。
虽然三好家顺利的铲除了比叡山延历寺这个肘腋之患，但未能擒杀觉恕法亲王，仍然等于功败垂成。
尽管三好家兵锋不减，但三好实休、野口冬长、三好政成、筱原康范、小笠原长行、镰田光久、西条长纲、伊泽赖俊等家中重臣们皆在久米田之战殒命，让三好家的家运衰歇，已临末路，显而易见。
所以，除了长年受其恩惠者外，眼下追随三好家之人是少之又少。尤其是近畿诸国，如丹后一色家、山名家、金吾畠山家等有力大名是先后倒向上杉家一方，连草木也是迎风披靡。
若不是三好长庆以自身威望尚存，尚能凝聚足利将军家奉公众、京兆细川家被官，以及山城、摄津、河内、和泉、丹波等国的国人领主们，恐怕三好家早就到了众叛亲离的地步。
虽说此番比叡山延历寺烧讨并没有擒杀觉恕法亲王，但伪朝一方已经除去了肘腋之患，并将战线重新推至近江志贺郡中部的坚田凑一带。
因此，三好长庆的郁闷为之全消，独自乐不可支。并因此表示自己之所以进行毫不留情的对比叡山延历寺进行攻击，是因为反感、憎恶僧侣们“沉迷于酒色、食用鱼鸟、贿赂金银、荒废修行，妄想插手世俗政务，简直是天下之耻。”
之后，三好长庆为了显示自己胳膊粗不好欺负，直接挟烧讨比叡山延历寺之余威，下令将山城一国进行全面检索，强壮、适龄之人皆入册充军，只让老弱进行耕田或充当劳役、阵夫。
然而，伪帝伏见宫邦辅、伪法皇伏见宫贞敦、伪东宫伏见宫贞康、伪天台座主应胤入道亲王、伏见宫邦茂、二条晴良、高仓永家、广桥国光、勘解由小路在富以下众人，却并没有因比叡山延历寺的覆灭而感到高兴，反而对此哀叹道：“尽管恶僧可杀，何必祸延伽蓝？！”
没多久，三好军烧讨比叡山延历寺之事就传遍了整个京都，就连被幽禁于大内禁里之中的山科言继、久我晴通、德大寺公维、劝休寺晴丰、万里小路赖资等亲上杉家公卿们也获知了此事。
其中，山科言继更是深受刺激，便在自己的日记中写下“佛法破灭”、“王道凌迟”等语，表现出强烈的不安和摇摆不定的心情。还对三好军杀害僧人、平民的行为大加鞭答，将三好军杀戮的人数翻了几番不止，足有“七八千之多”。
对于公家来说，王法（天皇、将军施政的政治）和佛法（佛教教义和佛教）正如车的两个轮子。他们认为佛法兴隆也能使政治安定，所以佛法的象征——比叡山被无情地烧毁，这件事给他们带来了多么巨大的冲击和恐惧，常人难以想象。
可以说，火烧比叡山是对依靠朝廷和政治尽享荣华富贵的旧势力的镇压，给人留下佛法破灭的强烈印象。